Tổ chức chung

Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[2] Tổ chức Đảng bộ trong Ban Cơ yếu Chính phủ theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Ban Cơ yếu Chính phủ là cao nhất.
• Đảng bộ các Cục, Vụ, Công ty trực thuộc Ban Cơ yếu Chính phủ.
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc Cục, Vụ, Công ty.
• Chi bộ các Phòng, ban cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở.

Thành phần

Về thành phần của Đảng ủy Ban Cơ yếu Chính phủ thường bao gồm như sau:

1. Bí thư: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
2. Phó Bí thư: Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ

Ban Thường vụ

1. Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
2. Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ
3. Ủy viên Thường vụ: Phó Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ

Ban Chấp hành Đảng bộ

1. Đảng ủy viên: Chánh Văn phòng
2. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chính trị-Tổ chức
3. Đảng ủy viên: Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính
4. Đảng ủy viên: Giám đốc trung tâm GSANM
5. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Cơ yếu Đảng - Chính quyền
6. Đảng ủy viên: Giám đốc Học viện Kỹ thuật Mật mã
7. Đảng ủy viên: Viện trưởng Viện Khoa học Công nghệ Mật mã
8. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Quản lý Kỹ thuật nghiệp vụ Mật mã
9. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Quản lý Mật mã Dân sự và Kiểm định Sản phẩm Mật mã
10. Đảng ủy viên: Vụ trưởng Vụ Khoa học Công nghệ